[新冠疫情] 華南海鮮不是發源地 追蹤零號病人
圖 | 新型冠狀病毒 58 種單倍型的演化關系和地理分布格局（A，B），單倍型之間的可能演化關系（C），以及新型冠狀病毒的可能傳播和擴散路線（D）；A 和 B 圓圈中的數據是樣本數量（來源：郁文彬）
這個研究印證了此前 1 月 24 日發表在《柳葉刀》的研究結論，即追蹤第壹批 41 個確診病例發現，這批最早在 12 月 1 日報告的病例中，總共有 13 個病例與海鮮市場無接觸史。也就是說，病毒在進入海鮮市場之前就已經潛入武漢居民的生活中。
這個研究由中國科學院西雙版納熱帶植物園郁文彬聯合華南農業大學和北京腦科中心的科研人員進行，於 2 月 19 日發表在中國科學院科技論文預發布平台 ChinaXiv 上。
作者認為，確定海鮮市場是不是病毒發源地對於尋找病毒的來源，以及確定中間宿主，對疫情的控制和避免再次爆發具有至關重要的意義。全基因組數據分析溯源
圖 | 跨越 8 個編碼區的 120 核苷酸突變分析（來源：郁文彬）
郁文彬對 DeepTech 解釋說，這是壹種基於種群遺傳學的分析方法。壹種基因型不等於壹個患者，壹種新冠病毒單倍型攜帶者有可能是多人，甚至可能是上百人，比如 H1 單倍型就對應了 19 個樣本，但是可以通過這個來溯源，因為某個單倍型患者意味著可能是來自同壹個源傳染。
研究人員收集了全世界各領域共享到 GISAID EpiFluTM 數據庫中的 93 個新型冠狀病毒樣本的基因組數據（截止 2 月 12 日），覆蓋了肆大洲 12 個國家。其中有 39 個樣本來自 11 個國家的感染患者，編碼了 31 個單倍型。來自中國的 54 個樣本也編碼了 31 個單倍型。
他們通過全基因組數據解析，追溯傳染源及擴散路徑發現，收到的 93 個樣本包含 58 種單倍型，而 58 個單倍型中，H13 和 H38 是比較“古老的”單倍型，兩者通過單倍型 H3 衍生出了單倍型 H1。
值得注意的是，與華南海鮮市場有關聯的患者樣品單倍型都是 H1 及其衍生單倍型，而壹份來自武漢樣品的更“古老的”單倍型 H3 則與華南海鮮市場無關。作者結合第壹批患者報告信息，以及種群擴張時間分析結果，作者推測華南海鮮市場的新型冠狀病毒是從其他地方傳入進來，在市場中發生快速傳播蔓延到市場之外。
作者還推測，單倍型 H13 和 H38 通過壹個中間載體與蝙蝠冠狀病毒 RaTG13 關聯，這個中間載體 mv1 可能是壹個祖先單倍型，也可能來自中間宿主或者“零號病人”。
“古老的”單倍型 H13 和 H38 的病毒樣品分別來自深圳的病患（廣東首例）和美國華盛頓州的病患（美國首例）。他們的旅行記錄表明 2019 年 12 月底至 2020 年 1 月初都來過武漢。
為什麼有 2 個“古老的”單倍型呢？郁文彬對 DeepTech 解釋說，其實 H13 和 H38，以及 H3，它們兩兩之間只有 1 個核苷酸位點的差異，有可能是衍生到 H3 後，發生了壹次轉換的回復突變，衍生到另外壹種基因型。並且兩者都是同義突變，即該突變不影響基因表達的結果。這就意味著 2 個“古老的”單倍型極為接近。
現有武漢樣本中沒有檢測到 H13 和 H38 單倍型，作者推測可能是因為現有樣品主要采自幾家定點醫院，而且樣品采集時間局限於 2019 年 12 月 24 日和 2020 年 1 月 5 日。那麼，如果能在武漢其他醫院早期的病患中檢測到這兩種單倍型，將對於尋找病毒來源非常有幫助。
對於單倍型 H3，其武漢樣本的發現時間在 2020 年 1 月，但這並不意味著其基因型更“年輕”。郁文彬解釋說，可能是因為病毒在被傳染到這位攜帶者身上沒有發生變異，或者很早傳染到這位患者，只是沒有發病。
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還沒人說話啊，我想來說幾句
這個研究印證了此前 1 月 24 日發表在《柳葉刀》的研究結論，即追蹤第壹批 41 個確診病例發現，這批最早在 12 月 1 日報告的病例中，總共有 13 個病例與海鮮市場無接觸史。也就是說，病毒在進入海鮮市場之前就已經潛入武漢居民的生活中。
這個研究由中國科學院西雙版納熱帶植物園郁文彬聯合華南農業大學和北京腦科中心的科研人員進行，於 2 月 19 日發表在中國科學院科技論文預發布平台 ChinaXiv 上。
作者認為，確定海鮮市場是不是病毒發源地對於尋找病毒的來源，以及確定中間宿主，對疫情的控制和避免再次爆發具有至關重要的意義。全基因組數據分析溯源
圖 | 跨越 8 個編碼區的 120 核苷酸突變分析（來源：郁文彬）
郁文彬對 DeepTech 解釋說，這是壹種基於種群遺傳學的分析方法。壹種基因型不等於壹個患者，壹種新冠病毒單倍型攜帶者有可能是多人，甚至可能是上百人，比如 H1 單倍型就對應了 19 個樣本，但是可以通過這個來溯源，因為某個單倍型患者意味著可能是來自同壹個源傳染。
研究人員收集了全世界各領域共享到 GISAID EpiFluTM 數據庫中的 93 個新型冠狀病毒樣本的基因組數據（截止 2 月 12 日），覆蓋了肆大洲 12 個國家。其中有 39 個樣本來自 11 個國家的感染患者，編碼了 31 個單倍型。來自中國的 54 個樣本也編碼了 31 個單倍型。
他們通過全基因組數據解析，追溯傳染源及擴散路徑發現，收到的 93 個樣本包含 58 種單倍型，而 58 個單倍型中，H13 和 H38 是比較“古老的”單倍型，兩者通過單倍型 H3 衍生出了單倍型 H1。
值得注意的是，與華南海鮮市場有關聯的患者樣品單倍型都是 H1 及其衍生單倍型，而壹份來自武漢樣品的更“古老的”單倍型 H3 則與華南海鮮市場無關。作者結合第壹批患者報告信息，以及種群擴張時間分析結果，作者推測華南海鮮市場的新型冠狀病毒是從其他地方傳入進來，在市場中發生快速傳播蔓延到市場之外。
作者還推測，單倍型 H13 和 H38 通過壹個中間載體與蝙蝠冠狀病毒 RaTG13 關聯，這個中間載體 mv1 可能是壹個祖先單倍型，也可能來自中間宿主或者“零號病人”。
“古老的”單倍型 H13 和 H38 的病毒樣品分別來自深圳的病患（廣東首例）和美國華盛頓州的病患（美國首例）。他們的旅行記錄表明 2019 年 12 月底至 2020 年 1 月初都來過武漢。
為什麼有 2 個“古老的”單倍型呢？郁文彬對 DeepTech 解釋說，其實 H13 和 H38，以及 H3，它們兩兩之間只有 1 個核苷酸位點的差異，有可能是衍生到 H3 後，發生了壹次轉換的回復突變，衍生到另外壹種基因型。並且兩者都是同義突變，即該突變不影響基因表達的結果。這就意味著 2 個“古老的”單倍型極為接近。
現有武漢樣本中沒有檢測到 H13 和 H38 單倍型，作者推測可能是因為現有樣品主要采自幾家定點醫院，而且樣品采集時間局限於 2019 年 12 月 24 日和 2020 年 1 月 5 日。那麼，如果能在武漢其他醫院早期的病患中檢測到這兩種單倍型，將對於尋找病毒來源非常有幫助。
對於單倍型 H3，其武漢樣本的發現時間在 2020 年 1 月，但這並不意味著其基因型更“年輕”。郁文彬解釋說，可能是因為病毒在被傳染到這位攜帶者身上沒有發生變異，或者很早傳染到這位患者，只是沒有發病。
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